モデルからデータを検索(find)する際のWHERE句(conditions)に、SQLをそのまま指定しても動きました。

$where = array();
$where[ 'Aaa' ][ 'flg' ] = 1;
$where[] =
 "( aaa.id IN ( ".
  "SELECT aaa_id FROM bbb WHERE ".
  "id IN ( ".
    "select max_id from ( ".
      "SELECT aaa_id, max( id ) as max_id FROM bbb WHERE 1 = 1 GROUP BY aaa_id ".
    ") as T".
  " )".
 " ) )";

$this->Aaa->find( 'all', array( 'conditions' => $where ) );

ちなみにエラーなく動作したデータベースはMySQLです。ひょっとするとPostgreSQLではNGかもしれません。